穿梭质粒是指可以在多种宿主下复制。比如说通常能够在哺乳动物，酵母或者其他***复制表达的质粒，同时可以在大肠杆菌内复制。这样利于对质粒的分子生物学操作和大量制备。
 

表达质粒就是指带有启动子，增强子等等，使其在宿主体内不仅仅是可以复制，还能够通过转录翻印，在宿主内表达出相应蛋白的质粒
 

穿梭质粒是指一类具有两种不同复制起点和选择标记，因而可以在两种不同类群宿主中存活和复制的质粒载体。
 

如用于枯草的pBE2、酵母的pPIC9K、哺乳动物表达载体pMT2 和用于植物细胞的Ti 质粒。这些穿梭质粒不仅可以在大肠杆菌中复制扩增，也可以在相应的枯草、酵母、动物或植物细胞中扩增和表达。这样利于对质粒的分子生物学操作和大量制备。
 

蓝藻含有内源质粒，但是不能直接作为载体用于转化蓝藻，必须构建成穿梭质粒载体，即除了大肠杆菌质粒载体必备元件外，还必须含有蓝藻源质粒的复制起始位点。这样的质粒载体既可以在转化的大肠杆菌中进行复制，也可以在转化的蓝藻中进行复制。

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